آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی و پروتئین با گرومکس GROMACS – مقدماتی
4 ساعت
4.4
ترکیبات زیستی نظیر پروتئینها، ماشینهای حیات هستند، برای انجام اعمال زیستی بایستی این ترکیبات، حرکت انجام دهند، اعم از: حرکتهای درونی یا جابهجایی، بنابراین اگر بخواهیم عملکرد مولکولهای زیستی را درک کنیم باید ساختار و دینامیک آنها را مطالعه کنیم. از طرفی، روش تجربی برای مطالعه دینامیک مولکولهای زیستی در مقیاسهای اتمی و مولکولی در دامنههای حرکتی کم در حد نانوثانیه و پیکوثانیه وجود ندارد. از این رو شبیهسازی دینامیک مولکولی ابزار مناسبی برای مطالعه این فرایندها به شمار میروند. فارغ از این که ریاضیات حاکم بر این روش چیست، نرمافزارهای مختلفی برای انجام شبیهسازی دینامیک مولکولی توسعهیافته میتوان به نرمافزارهای GROMACS, Amber, NAMD اشاره کرد. نرمافزار گرومکس به دلیل رایگان بودن سورس نرمافزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبهای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان برخوردار شده است. در این فرادرس، به آموزش شبیهسازی دینامیک مولکولی با نرمافزار گرومکس، ساخت ورودی برای شبیهسازی و انجام آن و آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج میپردازیم. با توجه به توسعه رشتههای چندنظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینههای مختلف اعم از مسائل زیستی و غیر زیستی، مخاطبین این آموزش میتوانند دانشجویان رشتههای مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند. در این آموزش، نحوه نصب نرمافزار GROMACS در لینوکس نیز بیان شده است و بخشی از آموزش در محیط لینوکس است و بهتر است از قبل آشنایی نسبی با سیستم عامل لینوکس نیز داشته باشید.
